http://forum.ixbt.com/topic.cgi?id=7:35815:2#2
Если достаточно, чтобы у всех подключающихся запускался только Консультант, то вписываем его в Terminal Server Configuration -> Connections -> Properties -> Environment.
Если хочется одним юзерам то запускать, другим сё, то можно сделать через ГП по адресу User Administration -> Administrative Templates -> System -> Custom User Interface.
http://www.sql.ru/forum/actualutils.aspx?action=gotomsg&tid=764730&msg=8898921
На самом серваке Server 2003 к примеру:
Пуск -> Настройка -> Панель управления -> Администрирование -> Управление компьютером -> Локальные пользователи и группы -> Пользователи
Кликаем по имени нужного пользователя и в появившемся окне Свойства:Имя пользователя выбираем вкладку Среда. Активируем переключатель При входе в систему запускать следующую программу: и в текстовое поле Имя файла программы: вгоняем путь и имя экзешника для примера даю 7zip "c:\Program Files\7-Zip\7zFM.exe". Жмём кнопки Применить -> Ок. Всё теперь при терминальном входе обработанного подобным методом пользователя запустится выбранная программа. После её завершения сенс автоматически завершится. Надеюсь известно, что выбранный пользователь должен входить в группу "Пользователи удалённого рабочего стола".
А теперь малость западла.
Если программа, в вашем случае 1С имеет окна выбора или сохранения файла стандартного MS Windows API покроя, то через них используя контекстное меню можно запустить любое, а то хоть и все приложения. Можно скажем с Word-ом проэкспериментировать. Открывается Word как бы под терминалом, выбираем из меню Файл -> Открыть или Сохранить как, в имени файла ставим *.* и нажимаем Enter после чего лазя по каталогам на ходим нужные нам exe-шники и на зло админу запускаем их через контекстное меню, напердоливаем ему на сервак диких вирусов или творим иные пакости в рамках прав учётки. А посему запуском прямо указанной программы, даже в учётках на серваке не отделаться, надо закручивать и другие гайки.... туго.... на шее пользователя
http://www.windowsfaq.ru/content/view/694/46/ - много текста, но самый идеологически верный способ